Việc khôi phục lại thông tin về nguồn gốc của người Do Thái rất là khó khăn và phức tạp. Việc phục dựng này đòi hỏi phải kiểm tra ít nhất là 3.000 năm lịch sử cổ đại của nhân loại bằng cách sử dụng nhiều tài liệu với số lượng đồ sộ và đa dạng được viết bằng ít nhất mười ngôn ngữ ở vùng cận Đông. Những khám phá khảo cổ học phụ thuộc vào các nhà nghiên cứu và các học giả từ nhiều chi nhánh khác nhau, mục tiêu là phải giải thích tất cả các dữ kiện thực tế, tập trung vào lý thuyết hợp lý nhất. Trong trường hợp này thì việc này rất là phức tạp bởi sự ảnh hưởng của các yếu tố chính trị lâu dài và các thành kiến về tôn giáo và văn hoá.[262]

Những dữ liệu tiền sử và dân tộc học của người Do Thái có liên quan chặt chẽ với ngành khảo cổ học, sinh học, và các bản ghi chép lịch sử, cũng như các tài liệu tôn giáo và những tài liệu thần thoại. Nhóm dân tộc sơ khai nguyên thủy mà người Do Thái ban đầu có nguồn gốc với tổ tiên của họ là một liên minh của các bộ lạc nói ngữ hệ Semetic thời kỳ đồ sắt được gọi là người Israel sống ở khu vực nằm trong một phần của miền đất Canaan trong thời kỳ bộ lạc và thời kỳ chánh thể.[263] Những người Do Thái hiện đại xuất thân từ Vương quốc Judah ở miền nam Israel, là các bộ lạc của chi tộc Judah và chi tộc Benjamin kể từ khi mười bộ lạc phía Bắc bị mất sau khi họ bị bắt giam ở Assyria.[264][265]

Theo bản tường thuật Kinh Thánh Hebrew, tổ tiên của người Do Thái được truy ra là có nguồn gốc từ các bậc tổ phụ trong Kinh thánh như Abraham, con trai của Abraham là Isaac, con trai của Isaac là Jacob, và các mẫu phụ như Sarah, Rebecca, Leah và Rachel, những người này đã sống ở Canaan. Mười hai bộ lạc được mô tả là con cháu hậu duệ thuộc dòng dõi của mười hai người con trai của Jacob. Jacob và gia đình ông di cư đến Ai Cập cổ đại sau khi được chính tay Pharaoh mời đến sống cùng với con của ông là Joseph. Dòng dõi con cháu hậu duệ của các bậc tổ phụ sau này trở thành những người nô lệ cho đến khi giai đoạn xuất hành được Moses dẫn dắt. Joshua là người thừa kết vai trò lãnh đạo dân tộc Do Thái sau khi Moses qua đời. Joshua là người đã chỉ huy người Israel xâm chiếm vùng đất của người Canaan.

Phần lớn các nhà khảo cổ học hiện đại đã loại bỏ tính lịch sử của bài tường thuật Kinh Thánh này,[266] vì bài tường thuật này đã được tái tạo thành một câu chuyện thần thoại mang khí chất dân tộc đầy cảm hứng của người Israel. Tuy nhiên, người Israel và nền văn hóa của họ, theo các tài liệu khảo cổ học hiện đại, đã không hề xâm chiếm vùng đất của người Canaan bằng vũ lực, nhưng thay vào đó thì người Israel đã tách ra khỏi dân tộc Canaan và tạo ra sự khác biệt văn hoá thông qua việc phát triển một bản sắc riêng biệt là tín ngưỡng độc thần và sau này là tôn giáo độc thần, đức tin tập trung vào Yahweh là một trong những vị thần cổ đại của dân Canaan. Sự phát triển của niềm tin trung thành với Yahweh, cùng với một số thực hành văn hoá, đã dần dần làm cho nhóm dân tộc Israel khác biệt để tách khỏi những người Canaan khác.[267][268][269]

Các nghiên cứu di truyền về người Do Thái cho thấy hầu hết đa số người Do Thái trên toàn thế giới đều có một di sản di truyền phổ biến có chung tổ tiên nguồn gốc từ Trung Đông, và kết quả cho thấy sự giống nhau nhiều nhất giữa người Do Thái với các dân tộc của vùng Trăng lưỡi liềm Màu mỡ.[270][271][272] Thành phần di truyền của các nhóm người Do Thái khác nhau cho thấy người Do Thái có chung một cụm gien di truyền từ 4.000 năm nay, đó là một dấu hiệu về nguồn gốc tổ tiên chung của họ. Mặc dù các nhóm người Do Thái sinh sống tách biệt nhau lâu dài, các cộng đồng Do Thái vẫn duy trì các đặc điểm chung trong văn hoá, truyền thống và ngôn ngữ.[273]